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Jobs appointments

PLEASE GO TO http://mpgaigeot-research.fr/ FOR MY CURRENT WEBSITE - The present website is not maintained anymore -

My email address is : mgaigeot@univ-evry.fr

Sorry, most of the propositions are written in french.
Send me an email in english at mgaigeot@univ-evry.fr for further english discussions on our PhD propositions and M1/M2 stays described below.



-  Poste ATER pour démarrage en Septembre 2010, mise en ligne en Avril 2010 - Détails pratiques sur le site
http://www.univ-evry.fr/fr/l_univer...


Lieu : Groupe de Modélisation du laboratoire LAMBE (Analyse et Modélisation pour la Biologie et l’Environnement) à l’Université d’Evry val d’Essonne

Responsable : M.-P. Gaigeot (Professeur)

Contacts : mgaigeot@univ-evry.fr , http://www.lambe.univ-evry.fr/mpgaigeot/

Descriptif du sujet :
Recherche. Modélisation de la spectroscopie vibrationnelle de peptides en phase gazeuse par dynamique moléculaire ab initio. Nous avons publié 17 articles sur ce sujet depuis 2003, en collaborations avec des groupes expérimentateurs en France et à l’étranger. Le sujet proposé ici sera plus spécifiquement en relation avec le développement de la méthode de DM DFT-Tight Binding (DFT-TB-MD) pour augmenter la taille des systèmes étudiés.

Enseignements à prendre en charge. L1 à L3 en filière PC-SPI Physique Chimie et Sciences pour l’Ingénieur au sein du département de Physique. Cours, Travaux Dirigés, Travaux Pratiques.

Compétences en recherche sollicitées. Chimie théorique et computationnelle, méthodes DFT et/ou semi-empiriques (idéalement DFT-TB), modélisation de dynamique moléculaire (ab initio et/ou classique).

L’Université d’Evry est située à 5’ à pied de la gare RER D Evry-Courcouronnes, à 40’ à partir de Paris (stations Chatelet ou Gare de Lyon) par le RER D.

-  PhD grant - Proposition de thèse pour démarrage en Septembre 2010, mise en ligne en Avril 2010 - Financement de thèse par l’Université (thèse ministère) avec possibilité de monitorat.


Lieu : Groupe de Modélisation du laboratoire LAMBE (Analyse et Modélisation pour la Biologie et l’Environnement) à l’Université d’Evry val d’Essonne

Responsable : M.-P. Gaigeot (Professeur)

Contacts : mgaigeot@univ-evry.fr , http://www.lambe.univ-evry.fr/mpgaigeot/

Descriptif du sujet :
Modélisation par dynamique moléculaire ab initio d’interfaces solide/eau liquide ainsi que de peptides à ces interfaces. Il s’agit de déterminer l’organisation des couches de solvant à l’interface, de peptides à l’interface, et de mettre en avant le rôle joué par le solvant. Il s’agit de modéliser la spectroscopie vibrationnelle à ces interfaces. Le(la) candidat(e) se formera aux simulations de dynamique ab initio de type Born-Oppenheimer et Car-Parrinello, avec applications via les packages CP2K et CPMD. Le groupe est spécialiste de ces méthodes, en particulier dans le domaine de la spectroscopie vibrationnelle Infrarouge (phases gazeuse, liquide et interfaces, 17 articles publiés depuis 2003).

Une formation initiale dans l’un des domaines suivants est nécessaire : Physique, Chimie Théorique, Chimie, Physico-Chimie, Chimie-Physique. Une connaissance du langage fortran et/ou de langages type perl/python serait un plus. Le(la) candidat(e) doit présenter un très bon dossier avec mentions le long de son parcours en Ecole d’Ingénieur ou en cursus universitaire L1-M2, pour acceptation finale par l’Ecole Doctorale. Deux lettres de recommandation sont également nécessaires pour candidater.

L’Université d’Evry est située à 5’ à pied de la gare RER D Evry-Courcouronnes, à 40’ à partir de Paris (stations Chatelet ou Gare de Lyon) par le RER D. Une partie du travail est en collaboration avec le groupe du Prof. Michiel Sprik à l’Université de Cambridge-UK (avec déplacements sur place).

-  PhD grant beginning in September 2009, online since December 2008

PhD grant from CEA - Commissariat à l’Energie Atomique de Saclay

Work-place : Groupe de Modélisation du LAMBE UMR 8587 Laboratoire Analyse et Modélisation pour la Biologie et l’Environnement, Université d’Evry val d’Essonne, Bat. Maupertuis, 91025 EVRY

Supervisors : Riccardo Spezia (CR-CNRS) & Marie-Pierre GAIGEOT (Professor) & Christine Lamouroux (CEA)

Email : mgaigeot@univ-evry.fr

Titre : Molecular modeling for mass spectrometry

Details of the subject : pdf File pdf

CEA website --- Sujet de thèse SL-DEN-09-053 : http://www-instn.cea.fr/Publication...


The University is located 5’ walk from the train station RER D Evry-Courcouronnes, 40’ RER train from stations Chatelet or Gare de Lyon with the RER line D.

-  Internships, online since December 2008
1 to 5 months - In French, but contact me at mgaigeot@univ-evry.fr

Car-Parrinello molecular dynamics of peptides

Lieu : Groupe de Modélisation du LAMBE UMR 8587 Laboratoire Analyse et Modélisation pour la Biologie et l’Environnement, Université d’Evry val d’Essonne, Bat. Maupertuis, 91025 EVRY

Responsables : Marie-Pierre GAIGEOT, Professeur & Riccardo Spezia, CR-CNRS

Contacts : mgaigeot@univ-evry.fr or riccardo.spezia@univ-evry.fr

Résumé :

Les simulations de dynamique moléculaire consistent à résoudre les équations du mouvement de Newton à température donnée. Dans des dynamiques ab initio, les électrons sont traités quantiquement, dans notre cas dans le cadre du formalisme de la fonctionnelle de la densité (DFT).

Nous appliquons les dynamiques ab initio pour caractériser les propriétés de structure, dynamique, vibration et réactivité chimique de fragments des peptides et protéines, d’acides nucléiques. Nos modélisations sont toujours en rapport avec des expériences, principalement de spectroscopie vibrationnelle ou de spectrométrie de masse (réalisées au laboratoire ou en collaboration avec des groupes de la région parisienne).

- Au cours du stage, nous proposons à l’étudiant de se former à la méthode de dynamique moléculaire ab initio, et aux codes que nous utilisons en particulier. L’étudiant se joindra aux projets en cours, participera aux calculs de dynamique moléculaire et à l’interprétation des trajectoires en rapport avec les expériences concernées.

La connaissance de la programmation n’est pas nécessaire. Nos calculs sont réalisés sur le cluster de PC du laboratoire, ainsi que sur les machines parallèles nationales de l’IDRIS et du CINES.


L’Université est située à 5’ à pied de la gare RER D Evry-Courcouronnes, à 40’ à partir des stations Chatelet ou Gare de Lyon par le RER D. Remboursement de la carte orange assuré.

Thermodynamics and evaporation kinetics of charged droplets in relation with mass spectrometry experiments


Pour comprendre les mécanismes physico-chimiques responsables de la production d’édifices bio-moléculaires chargés en phase gazeuse dans les expériences de spectrométrie de masse (Electronébulisation ESI-MS), nous mettons en œuvre des simulations numériques à l’échelle mésoscopique s’appuyant sur une description classique des interactions entre particules. Les simulations consistent en des calculs Monte-Carlo (MC) et de dynamique moléculaire (DM) de gouttes chargées. Les codes sont développés dans le groupe d’accueil et en collaboration avec le groupe de Mark Miller à l’Université de Cambridge-UK. La combinaison des simulations MC et DM apporte les informations de structure, thermodynamique et cinétique nécessaires à la compréhension des mécanismes d’électronébulisation.


Le stage de Master consiste à appliquer les codes MC et DM à des agrégats/gouttes chargé(e)s, de taille et compositions variables. Le stagiaire participera au développement des codes d’analyse des trajectoires afin de mettre en évidence les zones de stabilité/instabilité thermodynamique et les cinétiques d’évaporation des ions hors des agrégats. Le stagiaire développera également un modèle d’interactions qui prend en compte des tailles différentes entre les particules mésoscopiques qui constituent la goutte.


Le stage pourra se poursuivre par une thèse de Doctorat dont le financement est assuré par le CEA (le Laboratoire LAMBE à Evry est une unité mixte Université-CNRS-CEA). Sujet de thèse SL-DEN-09-053 sur http://www-instn.cea.fr (Direction de l’Energie Nucléaire DEN, Département de Physico-Chimie). Le laboratoire d’Evry participe à une rémunération des stagiaires de Master M2.



Stage proposé par Riccardo Spezia (CR-CNRS) et Marie-Pierre Gaigeot (Professeur des Universités)
LAMBE Laboratoiore Analyse et Modélisation pour la Biologie et l’Environnement Université d’Evry val d’Essonne
Bureaux : 01W40 & 01S03
Emails : riccardo.spezia@univ-evry.fr & mgaigeot@univ-evry.fr
http://www.lambe.univ-evry.fr/rspezia & http://www.lambe.univ-evry.fr/mpgaigeot
Téls : 01 69 47 76 53 & 01 69 47 01 41



L’Université est située à 5’ à pied de la gare RER D Evry-Courcouronnes, à 40’ à partir des stations Chatelet ou Gare de Lyon par le RER D. Remboursement de la carte orange assuré.


Molecular dynamics of Collision Induced Dissociation of ions in the gas phase


Le sujet de ce stage s’inscrit dans la thématique de réactivité chimique en phase gazeuse des molécules biologiques étudiées au laboratoire lors d’expériences de dissociation induite par collisions. Dans ces expériences, les ions biomoléculaires produits en phase gazeuse sont énergétiquement activés par collision avec des particules d’un gaz inerte (Ne, Ar, Xe, N2) : de l’énergie translationnelle est alors transformée en énergie vibro-rotationnelle de l’ion, ce qui peut alors conduire à sa dissotiation.

La dynamique directe de ces processus peut donner des informations très importantes sur le pourcentage de transfert d’énergie et, de façon plus générale, sur la cinétique réactionnelle. Ces études nécessitent la connaissance des surfaces d’énergie potentielle impliquées dans le processus.
Il est possible de modéliser ces processus suivant deux méthodes : traiter toutes les interactions par les méthodes de la chimie quantique ou bien paramétriser certaines interactions par des potentiels classiques analytiques de type atome-atome. La simulation directe des processus de collision nécessite de réaliser une statistique sur un nombre relativement élevé de dynamiques afin de rendre compte des différentes orientations et conditions initiales de vitesses du gaz rare par rapport à la molécule cible. Il est donc primordial de pouvoir calculer certaines interactions de façon rapide.


La première partie du stage sera consacrée à l’étude de l’interaction entre atomes de gaz rare et la molécule biologique d’intérêt à l’aide des méthodes de la chimie quantique. Les codes de chimie quantique, comme Gaussian et GAMESS d’utilisation quotidienne au laboratoire seront utilisés. A partir des surfaces d’énergie potentielle quantique, nous mettrons en place des potentiels classiques à deux corps.
La deuxième partie du stage sera consacrée aux simulations de dynamique moléculaire explicite des processus d’activation d’ions en phase gazeuse par collisions avec des atomes de gaz rares. Il s’agira d’effectuer différentes simulations de dynamique moléculaire en changant les conditions « expérimentales » (énergie de collision et nature de l’ion) et le niveau théorique de calcul (chimie quantique et méthodes mixtes classiques-quantiques avec les potentiels mis en place au cours de la 1ère partie du stage). Les codes VENUSS-GAMESS et CP2K dont dispose le laboratoire seront utilisés pour cela.


Stage proposé par Riccardo Spezia (CR-CNRS) et Marie-Pierre Gaigeot (Professeur des Universités)
LAMBE Laboratoiore Analyse et Modélisation pour la Biologie et l’Environnement Université d’Evry val d’Essonne
Bureaux : 01W40 & 01S03
Emails : riccardo.spezia@univ-evry.fr & mgaigeot@univ-evry.fr
http://www.lambe.univ-evry.fr/rspezia & http://www.lambe.univ-evry.fr/mpgaigeot Téls : 01 69 47 76 53 & 01 69 47 01 41


L’Université est située à 5’ à pied de la gare RER D Evry-Courcouronnes, à 40’ à partir des stations Chatelet ou Gare de Lyon par le RER D. Remboursement de la carte orange assuré.


Development of classical force fields for protein infrared spectroscopy

L’étudiant nous rejoindra pour travailler aux développements de champs de forces pour la spectroscopie infrarouge de protéines via des simulations de dynamique moléculaire.

Deux voies sont suivies en parallèle : approches bottom-up basées sur l’extraction de paramètres à partir de dynamiques moléculaires ab initio de type Car-Parrinello, ou approche Valence-Bond en collaboration avec Isabelle Demachy et Bernard Levy au LCP-Orsay.

Les champs de forces sont introduits dans notre code de dynamique biomoléculaire MDVRY.

Contacts : Pr. Marie-Pierre Gaigeot, LAMBE, mgaigeot@univ-evry.fr, Tel : +33 (0)1 69 47 01 41


L’Université est située à 5’ à pied de la gare RER D Evry-Courcouronnes, à 40’ à partir des stations Chatelet ou Gare de Lyon par le RER D. Remboursement de la carte orange assuré.