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Dessaux Delphine



Doctorante

Mail : delphine.dessaux_at_univ-evry.fr

Tél : +33 (0) 1-69-47-01-44

Fax : +33 (0) 1-69-47-76-55 (secrétariat)

Bureau 01S08 bâtiment Maupertuis

Titre de la thèse : Expériences et modélisation par dynamique moléculaire du transport d’acides nucléiques à travers un nanopore

Encadrants : Jérôme Mathé, Nathalie Basdevant, Rosa Ramirez

Résumé : La dynamique de polymères biologiques traversant un canal est un enjeu majeur dans de nombreux processus biologiques et applications biotechnologiques, comme par exemple dans le cadre du séquençage de l’ADN par nanopores. L’étude expérimentale de cette dynamique est basée sur l’analyse du courant ionique traversant un nanopore sous l’effet d’un champ électrique. Les fluctuations de courant observées lors du passage d’une molécule d’ADN à travers le pore sont la signature des interactions mises en jeu. La détermination précise des paramètres déterminant le transport permettra d’aborder des stratégies chimiques ou mécaniques innovantes afin de contrôler la vitesse de translocation, contrôle d’intérêt majeur pour de nombreuses applications de nanobiotechnologie.

Récemment, nous avons démontré expérimentalement que le transport d’ADN dans les pores protéiques était largement contrôlé par une barrière d’énergie due notamment à l’interaction électrostatique entre l’ADN et le pore. Des simulations de dynamique moléculaire pourraient permettre d’élucider l’origine moléculaire précise de cette barrière d’énergie.

Ainsi, le but de ma thèse est de mieux comprendre les processus mis en jeu dans le contrôle de la vitesse de translocation des acides nucléiques à travers un nanopore protéique, l’alpha-hémolysine, en combinant les expériences à la modélisation. Pour cela, je réalise des simulations de dynamique moléculaire avec un modèle gros-grain (représentant plusieurs atomes par un seul site) de l’’alpha-hémolysine insérée dans une membrane lipidique en utilisant le champ de force MARTINI. En effet, les modèles gros-grains peuvent dépasser les limitations des modèles tout-atome et permettent d’atteindre des durées de simulation plus proches des temps caractéristiques des expériences.