SANA BOUGUEROUA

SANA BOUGUEROUA

Poste Actuel 

Ingénieur de Recherche (Experte en calculs scientifiques) LAMBE-UMR8587

    Missions

    • Développement et optimisation de codes de calculs scientifiques utilisés et développés dans le groupe Théorie et Modélisation du LAMBE.
    • Conception des méthodes basées sur l'expertise en informatique et en mathématiques (en particulier la théorie des graphes) pour la modélisation, le calcul et la visualisation des résultats des simulations de dynamiques moléculaires.
    • Gestion et administration du parc informatique du laboratoire LAMBE (sécurité́ informatique, sauvegarde pérenne des données,...)
    • Gestion du site web et de la collection HAL du LAMBE.

    Parcours acadimique

    • 2014-2017. Laboratoire DAVID, université de Paris Saclay, université de Versailles-St Quentin,France.
      Doctorat, spécialité: informatique (chimo-informatique).
      Intitulé: Caractérisation de structures explorées dans les simulations de dynamique moléculaire.
    • 2013 – 2014. Université Paris Est Marne La Vallée, France.
      Master international Bézout, spécialité: Algorithme, Bioinformatique et Combinatoire (ABC).
      Mémoire: Algorithmique de graphes pour l’analyse de trajectoires d’évolution des structures moléculaires, à l'université de Versailles-St Quentin.
    • 2008 – 2013. Ecole nationale Supérieure d'Informatique (ESI ex INI), Algérie.
      Ingénieur d’état en Informatique, spécialité: Systèmes Informatiques (SIQ).
      Mémoire: PostGWAS KnowledgeMiner: Une ressource bioinformatique intégrative et un paquetage R pour l'annotation, prédiction fonctionnelle et interprétation des données génomiques.

    Collaboration scientifique au sein du LAMBE

    • Application de la théorie des graphes pour l’analyse et la caractérisation des systèmes moléculaires en phase gazeuse (peptides) et en phase condensée (interfaces liquide-liquide, liquide-solide), et pour la catalyse. 
    • Développement des outils d’analyse des trajectoires.

    Collaboration scientifique internationale

    • Collaboration avec une équipe de l’Université de Amsterdam aux Pays-Bas pour l’application de méthodes de théorie des graphes sur des clutsters pour la catalys.
    1. High-Throughput Reactivity Exploration for Extended Databases of Transition Metal Catalysts. A. Hashemi, S. Bougueroua M.-P. Gaigeot, and E. Pidko. Journal of Chemical Information and Modeling, 2023.
      DOI: 10.1021/acs.jcim.3c00660
    2. Algorithmic graph theory, reinforcement learning and game theory in MD simulations: from 3D-structures to topological 2D-MolGraphs and backwards.  S. Bougueroua, M. Bricage, Y. Aboulfath, D. Barth, M.-P. Gaigeot. Molecules, 2023
      DOI: 10.3390/molecules28072892
    3. Algorithmic graph theory for post-processing molecular dynamics trajectories. Bougueroua, Sana and Aboulfath, Ylène and Barth, Dominique and Gaigeot, Marie-Pierre. Molecular Physics, 2023.
      DOI: 10.1080/00268976.2022.2162456
    4. ReNeGate: A Reaction Network Graph-Theoretical Tool for Automated Mechanistic Studies in Computational Homogeneous Catalysis. A. Hashemi, S. Bougueroua, M.-P. Gaigeot, E. Pidko. J. Chem. Theo. Comput. , 2022
      DOI: 10.1021/acs.jctc.2c00404
    5. Direct Dynamics for Vibrational Spectroscopy: From Large Molecules in the Gas Phase to the Condensed Phase. Bougueroua, S.; Chantitch, V.; Chen, W.; Pezzotti, S.; Gaigeot, M.-P. Vibrational Dynamics Of Molecules, 2022
      DOI:10.1142/9789811237911_0011
    6. Enhanced conductivity of water at the electrified air–water interface: a DFT-MD characterization. F. Creazzo, S. Pezzotti, S. Bougueroua, A. Serva, J. Sponer, F. Saija, G. Cassone, M-P. Gaigeot. Physical Chemistry Chemical Physics 2020.
      DOI: 10.1039/C9CP06970D
    7. Conformational assignment of gas phase peptides and their H-Bonded complexes using far-IR/THz: IR-UV ion dip experiment, DFT-MD spectroscopy, and Graph Theory for modes assignment. D. Ruth Galimberti, S. Bougueroua, J. Mahé, M. Tommasini, A. M. Rijs, and M.-P. Gaigeot. Faraday Discussions 'Advances in Ion Spectroscopy' 2019.
      DOI:10.1039/C8FD00211H
    8. Combining ab-initio and classical molecular dynamics simulations to unravel the structure of the 2D-HB-network at the air-water interface. Serva A, Pezzotti S, Bougueroua S, Galimberti DR, Gaigeot M-P. Journal of Molecular Structure 2018.
      DOI: 10.1016/201803074
    9. Graph theory for automatic structural recognition in molecular dynamics simulations. Bougueroua, S.; Barth, D.; Quessette, F.; Spezia, R.; Vial, S.; and Gaigeot, M.-P. J. Chem. Phys. 2018.
      DOI: 10.1063/1.5045818
    10. A new graph algorithm for the analysis of conformational dynamics of molecules. Barth, D.; Bougueroua, S.; Gaigeot, M.-P.; Quessette, F.; Spezia, R.; and Vial, S. In Information Sciences and Systems 2015, pages 319–326. Springer 2016.
      DOI:10.1007/978-3-319-22635429
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