NATHALIE BASDEVANT

Activités de recherche

Mon domaine de recherche est la modélisation multi-échelle des interactions entre biomolécules, de la modélisation tout-atome classique à la modélisation gros-grain :

• Modélisation gros-grain de la translocation d'acides nucléiques à travers les nanopores protéiques. Lien vers un article de LifeSciences Paris-Saclay
• Modélisation gros-grain du transport à travers les nanopores protéiques. Lien vers un article sur le site de LifeSciences Paris-Saclay.
• Développement et application du modèle « gros-grain » SCORPION pour l’étude des interactions entre protéines.
• Développement d’un modèle de solvant « gros-grain » semi-implicite polarisable pour l’étude de la solvatation des biomolécules, à la fois à l’échelle du modèle de protéine SCORPION mais aussi à l’échelle tout-atome.
• Etude par modélisation moléculaire tout-atome et gros-grain de la dynamique des biomolécules

Outils

• Dynamique Moléculaire gros-grain avec le champ de force MARTINI et le logiciel Gromacs
• Dynamique Moléculaire tout-atome avec les logiciels Gromacs, Charmm, etc
• Développement de modèles de solvant et de protéines

Autres activités

• 2019-2023 : Directrice adjointe du Département de Physique de l'Université d'Evry.
• 2016-2022 : Elue à la Commission Recherche de l'UEVE, au Conseil Académique et CAC restreint, et élue à la Commission Mixte des Moyens de l'UEVE 2019-2022.

Vulgarisation scientifique

Depuis 2020, dans le cadre de la Fête de la Science à l'Université d'Evry, réalisation d'un livret d'expériences de physique pour les enfants de niveau primaire : Lien

De 2016 à 2019, co-organisation de l’atelier des "Lutins des sciences" à l’Université d’Evry à l’occasion de la Fête de la Science : atelier de vulgarisation scientifique à destination des enfants de 4 à 12 ans comportant une série d’expériences illustrant des phénomènes physiques. Participation de 150 à 200 enfants chaque année, encadrés par une quinzaine d’étudiants (L3 et Master) et d’enseignants. Lien vidéo Fête de la Science 2017.

Science en Direct : en 2016 et 2017, participation à l’événement « Science en Direct » organisé par l’Esprit Sorcier à la Cité des Sciences de Paris pour la Fête de la Science : animation d’un stand et diffusion en direct sur YouTube :

• 7 octobre 2017 : Visualiser les ondes sonores (avec Jérôme Mathé) :

lien YouTube

lien YouTube de toute la matinée

• 8 octobre 2016 : la chimie du chou rouge

lien YouTube

• 2023-... : Jianjun Tao, Doctorant (co-direction : Jérôme Mathé), ED 2MIB, Université Paris-Saclay : « Modèle structural de l’endosulfatase humaine HSulf-2, biomarqueur tumoral, élaboré́ par simulations de dynamique moléculaire avec un modèle gros-grain ». lien
• 2021-2024: Çağla Okyay, Doctorante (co-direction : Jérôme Mathé), ED 2MIB, Université Paris-Saclay : « Etude expérimentale et en modélisation de dynamique moléculaire d'un acide nucléique en nano-confinement ». manuscrit
• 2016-2020 : Delphine Dessaux, Doctorante (co-direction : Jérôme Mathé et Rosa Ramirez), ED 2MIB, Université Paris-Saclay : « Expériences et modélisation par dynamique moléculaire gros-grain du transport de l'ADN à travers l'alpha-hémolysine »  manuscrit
• 2016 : Delphine Dessaux, stage de M2 (Master 2 Systems and Synthetic Biology mSSB – Université d’Evry Val d’Essonne) : « Modélisation par dynamique moléculaire gros-grain du passage d’ions à travers les nanopores protéiques. »
• 2013 : Arnaud Meng, stage de M1 (Master 1 Biologie Informatique - P7) : « Modélisation gros-grain de la reconnaissance protéine-protéine. »
• 2009-2011 : Carla Jamous , Doctorante (co-direction Tâp Ha-Duong), ED DGAO, Université d'Evry-Val-d'Essonne : « Structure et Dynamique Moléculaire de la protéine FtsZ. » 

1. Sequence and force effects on ssDNA translocation through a protein nanopore : Coarse-grained constant-force steered molecular dynamics simulations. C. Okyay, J. Mathé & N. Basdevant. J. Phys. Chem. B, 2025, 129 (48), 12432–12442. DOI:10.1021/acs.jpcb.5c06503.
2. The Hydrophilic Domain of HSulfs: An intrinsically Disordered Region Governing Function and Therapeutic Potential. C. Demongin, J. Tao, N. El Omrani, N. Basdevant & R. Daniel. Glycobiology, 2025, 35 (12), cwalf060. DOI:10.1093/glycob/cwaf060

Ionic transport through a protein nanopore: a Coarse-Grained Molecular Dynamics Study. N. Basdevant, D. Dessaux & R. Ramirez. Scientific Reports. 2019, 9: 15740. DOI: 10.1038/s41598-019-51942-y

Interaction of chemokine receptor CXCR4 in monomeric and dimeric state with its endogenous ligand CXCL12 : Coarse-grained simulations identify differences. P. Cutolo, N. Basdevant, G. Bernadat, F. Bachelerie & T. Ha-Duong. J. Biomol. Struc. Dyn. 2017. 35 (2) : 399−412. DOI: 10.1080/07391102.2016.1145142

Structure of ring-shaped Aβ42 oligomers determined by conformational selection. T. Linh, N. Basdevant, C. Prévost, T. Ha-Duong. Scientific Reports. 2016, 6 : 21429. DOI: 10.1038/srep21429

Influence of GTP/GDP and Magnesium Ion on the Solvated Structure of the Protein FtsZ : A Molecular Dynamics Study. C. Jamous, N. Basdevant, T. Ha-Duong. J. Biomol. Struc. Dyn. 2014, 32(6) : 916-927. DOI: 10.1080/07391102.2013.799436

Modeling Protein−Protein Recognition in Solution Using the Coarse-Grained Force Field SCORPION.N. Basdevant, D. Borgis, T. Ha-Duong. J. Chem. Theory Comput. 2013. 9: 803−813. DOI: 10.1021/ct300943w

A polarizable coarse-grained water model for coarse-grained proteins simulations. T. Ha-Duong, N. Basdevant & D. Borgis. Chem. Phys. Letters. 2009, 468 : 79-82. DOI: 10.1016/j.cplett.2008.11.092

A Coarse-Grained Protein-Protein Potential Derived from an All-Atom Force Field. N. Basdevant, D. Borgis & T. Ha-Duong. J. Phys. Chem. B. 2007, 111 (31) : 9390-9399. DOI: 10.1021/jp0727190

1. Particle-Based Implicit Solvent Model for Biosimulations : Application to Proteins and Nucleic Acids Hydration.N. Basdevant, T. Ha-Duong & D. Borgis.  J. Chem. Theory Comput. 2006, 2 (6) : 1646-1656.
   DOI: 10.1021/ct0600417
2. Thermodynamic basis for promiscuity and selectivity in protein-protein interactions : PDZ domains, a case study. N. Basdevant, H. Weinstein & M. Ceruso.  J. Am. Chem. Soc. 2006, 128 (39) : 12766-12777.
   DOI: 10.1021/ja060830y
3. A Particle Based Implicit Solvent Model for Biomolecular Simulations. N. Basdevant, T. Ha-Duong & D. Borgis. AIP Conference Proceedings. 2006, 851 : 192-195.
   DOI: 10.1063/1.2345637

1. Dielectric constant of a highly polarizable atomic fluid: The Clausius-Mossotti versus the Onsager relation.N. Basdevant, T. Ha-Duong & D. Borgis. Molecular Physics. 2004, 102 (8): 783-788.
   DOI: 10.1080/00268970410001711328
2. A semi-implicit solvent model for the Simulation of Peptides and Proteins. N. Basdevant, D. Borgis & T. Ha-Duong.  J. Comput. Chem. 2004, 25 (8): 1015-29.
   DOI: 10.1002/jcc.20031